为做好新型冠状病毒疫情防控工作，广州动物园自2020年1月24日起实行全面闭园。期间积极做好园区的卫生和消毒工作，加强动物观察和疫病监测，确保园内野生动物健康。经过大量前期准备，广州动物园于3月23日起实行有序开放。疫情期间，动物园的游乐场、长颈鹿饲喂体验区、逗趣园、科普长廊、科技馆、灵猴屋、大熊猫室内展馆、蝴蝶馆、盘龙苑、飞禽大观在内的设施和展馆依旧暂停开放。
疫情期间，园方将严格控制入园人数，每天按照合理承载量的百分之三十，不超过15000人入园。游客需通过穗康通行码实名登记，全程无接触式购验票进园，减少人为接触。目前，公园只开放网上实名购票，现场不设纸质门票销售窗口，市民可以通过“广州动物园票务”公众号微信购票。另外，为了分流游客，错峰入园，网上门票每天分时段限量发放，市民需注意提早预订门票并按时段到达。另外，动物园疫情期间暂停团体接待。为保障顺利、快捷入园，参观的市民需提前注册穗康码，更新穗康码信息，并携带有效身份证件，配合查验和测量体温。
