广州动物园与华大基因合作华虎南基因组研究取得重大进展

发布时间：2018-06-14 01:27:34 来源：广州市林业和园林局 浏览次数：- 字体大小： 大中小

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6月8日，华南虎基因组研究团队齐聚广州动物园，通报华南虎基因组委托检测研究进展情况，解读华南虎基因组研究阶段性报告，并就华南虎基因组学的进一步标准化分析研究、濒危野生动物宏基因组学研究技术及动物肠道微生物的研究动态进行深入探讨。华南虎基因组学研究由广州动物园科研团队主持开展，以园内雄性华南虎“团团”和雌性华南虎“欢欢”作为基因组测序对象，使用长读序的三代de novo技术辅助二代测序进行修正。初步的研究结果表明，华南虎的基因组约为2.4G，测序深度超过50×，基因的杂合度较低，组装质量非常高，使用HIC技术，可以组装到染色体水平，为后续开展猫科动物的遗传进化、群体遗传多样性评估、功能基因的注释与鉴定、特有基因及遗传病基因的定位与挖掘打下坚实基础。

图1：华南虎基因组的K-mer分析图

	Wtdgb contig		Polish contig		pilon contig
	length(bp)	number	length(bp)	number	length(bp)	number
max_len	32,259,767		32,099,266		31,896,483
N50	6,269,520	115	6,236,750	115	6,203,378	115
N60	4,881,785	158	4,865,218	158	4,840,186	158
N70	3,580,130	218	3,566,771	218	3,554,172	218
N80	2,427,393	300	2,424,279	300	2,414,207	300
N90	1,227,710	441	1,220,914	441	1,218,186	440
Total_length	2,441,811,486		2,429,766,073		2,415,695,052
number>=2000bp		1,899		1,899		1,899

图2：华南虎基因组的组装结果统计

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